Fairy Tail (Episódios 001 ~ 002): A primeira saga do anime, que começa no primeiro episódio. Nesta saga temos revelada apenas o passado de Natsu e se prolonga até uma missão de resgate de Macao. Nesta saga são introduzidos alguns dos personagens secundários.
Saga Day Break (Episódios 003 ~ 004): Se inicia com uma missão de destruir um misterioso livro chamado DayBreak que está nas mãos de Duque Everlue. Terminada a missão, quando Lucy, Natsu e Gray (que eles encontraram andando pela floresta) estavam voltando para guilda, são abordados por um grupo de magos refugiados da Eisenwald, mas uma sombra misteriosa os captura antes que eles revelem os planos da Eisenwald. Se encerra com uma misteriosa mulher que seguia até a Fairy Tail.
Saga Einsenwald (Episódios 005 ~ 009): Se inicia com a volta de Elza a guilda. Ela recruta Gray e Natsu para uma missão, Lucy vai junto a pedido de Mirajane. Os cinco tentam impedir os planos de uma Dark Guild chamada Eisenwald, que pretende usar uma magia chamada Lullaby. O arco se encerra com o sucesso da missão, e com a volta para a guilda.
Saga Ilha Galuna (Episódios 010 ~ 018): Começa com a luta de Natsu e Elza, que é interrompida, pois um mensageiro do Conselho aparece com uma ordem de prisão para Elza. Natsu tenta tirá-la da prisão sem sucesso, mas ela acaba por ser liberada. Então os personagens Laxus, neto do mestre Makarov e Mystogan, o membro mais misterioso da guilda, finalmente aparecem. Natsu desperta sua vontade de realizar missões de Classe S do segundo andar da guilda. Happy aproveita para roubar um dos informes com uma missão e foge com ela. Sem a autorização do Mestre, ele e Natsu convencem Lucy a se juntar a eles e fazerem a missão de Classe S, dizendo que após cumprida a missão, o Mestre iria respeitá-los e permitir a eles realizarem outras missões de Classe S. Gray é mandado por Makarov para impedi-los, mas acaba se juntando a eles e realizando a missão também. Então cabe a Elza ir atrás deles. A missão se resume em destruir a lua de uma ilha amaldiçoada, a Ilha Galuna, onde as pessoas que viviam nela viravam demônios. O grupo acaba encontrando Delyora, um antigo demônio com um selamento que possuia o gelo mais forte e nenhum fogo poderia derretê-lo e é quase inquebrável. Essa magia tira a vida da pessoa que a usa. Deliora foi selado por Ur, ex-tutora de Gray. O grupo acaba descobrindo que Lyon, ex-colega de Gray e também ex-pupilo de Ur, quer quebrar o selo e destruir Delyora, para provar para si mesmo que se tornou mais poderoso que Ur, que morreu selando Delyora. O passado de Gray é revelado com detalhes nessa saga.
Saga Phanton Lord (Episódios 019 ~ 029): Começa com o retorno da equipe a guilda. E logo a Fairy Tail é atacada por sua maior rival, a guilda Phanton Lord, que envia Gajeel, o Dragon Slayer do ferro, que ataca Levy, Jet e Droy. Após o ataque, o Mestre Makarov prepara um plano de vingança, e tenta recuperar sua honra. Enquanto essa batalha acontece, ocorre o sequestro de Lucy, que é, na verdade, o real objetivo da Phantom, pois foi contratada pelo pai de Lucy, para que ela seja levada de volta a sua casa. Nesse arco, conhecemos o passado de Elfman e o passado de Lucy, e são introduzidos os personagens Gajeel e Juvia, pertencente ao grupo Element 4, formado pelos magos mais poderosos da guilda Phantom. O arco se encerra com a derrota da guilda Phanton Lord, e com a revolta de Lucy para com seu pai.
Saga Etherion (Episódios 030 ~ 040): Se inicia com pequenas aventuras e desandamentos sem muita importância. Mas depois descobrimos o passado de Loke, que na verdade era um espírito estelar. Ao ser salvo por Lucy, ele oferece aos cinco heróis hospedagem grátis em um hotel luxuoso, para que se divertissem com cassinos e jogatina. Não demora a se envolveram em um grande problema, pois os ex-companheiros de Elza aparecem por lá, querendo trazer de volta a terrível maga negra Zeref usando uma magia chamada Sistema R, que seria reativada usando Erza como sacrifício. Na verdade tudo é culpa do vilão Jellal, que ilude os ex-conpanheiros de Elza. O problema é que Gerard também era secretamente o maldoso Siegrain, membro do Conselho Mágico. E aproveitando-se disso, Sieg convence o Conselho a usar uma magia muito poderosa chamada Ethérion, formada por um conjunto de satélites que seriam capazes de destruir um país inteiro, e que ajudaria em seus planos para reviver Zeref. Além de ser revelado o passado de Erza e de Gerard em si. O arco se encerra com a derrota de Gerard, a destruição da Torre do Paraíso e o perdão e adeus dos ex-companheiros de Erza.
Saga Laxus (Episódios 041 ~ 048): Considerado pelos fãs o melhor arco. Começa com a entrada de Gajeel e Juvia para Fairy Tail, o que desperta raiva entre os membros, principalmente Laxus, que arma um plano durante um festival chamado ‘Fantasia’. Trata-se de um jogo para fazer os membros da guilda lutarem entre si. O que restasse enfrentaria Luxus, e o vencedor seria o novo mestre da guilda (de acordo com as regras do jogo). Conhecemos o passado de Mirajane e de Laxus em si, além de contemplarmos as mais empolgantes lutas do mangá: Laxus VS Mistgun e Laxus VS Natsu e Gajeel. O arco acaba com o banimento de Laxus da guilda.
Saga Orácion Seis (Episódios 049 ~ 068): Inicia-se com o relacionamento de Lucy e seu pai se tornando mais harmonioso, mas o que o arco foca é o confronto das quatro melhores guildas do Reino de Fiore (Fairy Tail, Blue Pegasus, Lamia Scale e Cait Shelter) contra uma das organizações mestre das Guildas Criminosas, conhecidas como Orácion Seis, que como o nome sugere só tem 6 membros, embora esses sejam muito poderosos. São eles Midnight, Cobra, Hoteye, Angel, Racer e Brain; que tinham como objetivo acordar uma magia ancestral poderosíssima, chamada Nirvana (que havia sido selada há muito tempo atrás pelos fundadores da guilda Cait Shelter). É, também, descoberta uma nova Dragon Slayer, Wendy, a Dragon Slayer do céu, que possui uma habilidade única de cura. Retorna o vilão Jellal, mas dessa vez do lado dos heróis, pois não possuía mais nenhuma memória. O arco termina com Jellal sendo preso, e com a entrada de Wendy para Fairy Tail.
Saga Dragonóide (Episódio 69 ~ 072): É uma saga filler.
Fillers (72 ~ 75) Esse episódios são fillers com uma história diferente em cada um deles.
Edolas(Episódio 76 ~ ??) – Gildarts o mago mais poderoso da guilda, retorna, e convida Natsu para ir à sua casa, e revela sobre um poderosíssimo Dragão Negro, que arrancou seu braço, sua perna esquerda e mais um órgão. Natsu então se vê determinado a encontrar o Dragão Negro, para conseguir informações sobre Igneel. Depois, Mystogan surge para conversar com Wendy, e avisa que a cidade de Magnolia seria devorada por uma magia chamada Anima. Wendy tenta salvar a todos, mas falha, e a guilda e a cidade acabam sendo sugadas pela Anima, ficando para trás apenas Wendy e Natsu jutamente com suas mascotes Happy e Charle. Charle revela que Anima na verdade é um portal para outro mundo chamado Edolas, e que ela e Happy são naturais deste mundo, eles resolvem então entrar em Edolas através do Anima. Guiados por Charle, ao chegar lá descobrem que os habitantes de Edolas são versões de pessoas da Terra, e que lá também existe uma Fairy Tail. É explicado a eles que o motivo de seus amigos terem sido abduzidos é para manter o poder mágico de Edolas que estava se desgastando. Eles, vão enfrentar os capitães das divisões de guerra SugarBoy, Hughes, Elza KnightWalker e Pantherlily para chegar até o rei de Edolas (Fausto) e descobrir como trazer a guilda e seus membros de volta.